Ползал по убунтийским форумам и случайно наткнулся на интересный дистрибутив GoboLinux [1]. Суть дистрибутива в изменённой иерархии файловой системы и хранении всех файлов каждой программы в отдельной директории.

Чтобы было понятнее:

~] cd /
/] ls
Programs
Users
System
Files
Mount
Depot

/] cd /Programs
/Programs] ls

AfterStep     E2FSProgs    Htop        NTP          Subversion
ALSA-Driver   Ed           HTTPD       OpenOffice   Sudo
ALSA-Lib      Eject        Hydrogen    OpenSSH      Swfdec
ALSA-OSS      Elinks       IBM-Java2   OpenSSL      Synaptics
ALSA-Utils    Ethereal     ID3Lib      Pango        SysFSUtils
Ardour        Expat        IEEE80211   Patch        Sysklogd
Audacity      File         IMLib2      Perl         TCL
Aumix         Firefox      InetUtils   Pkgconfig    TeTeX
Autoconf      Flac         Intltool    PodXTPro     Texinfo
Automake      Flex         IpodSlave   Popt         TIFF
Bash          Fontconfig   Iptables    PPP          TiMidity++